Ερευνα

Τα ερευνητικά ενδιαφέροντα της ομάδας του Δρ Μιχαλόπουλου περιλαμβάνουν:

1. Ανάλυση συσχέτισης ανθρωπίνων γονιδίων (HGCA)
   Ένα διαδικτυακό εργαλείο βασισμένο σε μικροκροσυστοιχίες στο που παράγει καταλόγος γονιδίων τα οποία συνεκφράζονται με γονίδια που παρουσιάζουν ενδιαφέρον. Το HCGA αναθέτει ρόλους στα γονίδια ενδιαφέροντος με βάση τα σχόλια των γονιδίων με τα οποία συνεκφράζονται.
2. Βάση δεδομένων θέσεων πρόσδεσης μεταγραφικών παράγοντων (TFBSDB)
   Ένα διαδικτυακό εργαλείο που εντοπίζει πιθανές θέσεις πρόσδεσης μεταγραφικών παραγόντων σε γενωμικό επίπεδο. Παράγονται από την σύγκριση του DNA με πίνακες βεβαρημένης θέσης γνωστών μεταγραφικών παραγόντων. Τέτοια cis-στοιχεία μπορεί να ρυθμίζουν τη μεταγραφή των γειτονικών γονιδίων.
3. Αμφίδρομοι υποκινητές
   Ένα διαδικτυακό εργαλείο που ανακαλύπτει αποκλείνοντες μη-επικαλυπτόμενους (αμφίδρομουςι) υποκινητές. Χρησιμοποιήθηκε για το σχεδιασμό ιικών φορέων γονιδιακής θεραπείας που εκφράζουν ταυτόχρονα δύο γονίδια.
4. Επιμέλεια δημόσιων αποθετηρίων μικροσυστοιχιών
   Ένα έργο για την αυτόματη και δια χειρός επιμέλεια των συμβατών κατά MIAME δημοσίων αποθετηρίων μικροσυστοιχιών, όπως το GEO και το NASC.
5. Επιγενωμικές Τροποποιήσεις στον Καρκίνο
   Η ομάδα μας ανέπτυξε ένα εργαλείο Java για την ανάλυση δεδομένων μικροσυστοιχιών μεθυλίωσης DNA για την ανίχνευση υπερ- ή υπο-μεθυλιωμένων γονιδίων.
6. Ανάλυση δεδομένων μικροσυστοιχιών miRNA
   Αναγνώριση υπερ- ή ύπο- εκφρασμένων miRNAs σε συναφείς κυττρικές σειρές.
7. Συμβολή στην ανάπτυξη του GOmir
   Ένα εργαλείο Java που βρίσκει όρους Γονιδιακής Οντολογίας πλούσιους σε πληροφοριακό περιεχόμενο σε καταλόγουν γονιδίων-στόχων των miRNAs.
8. ParkinsonDB
   Ένα μητρώο για Έλληνες ασθενείς του Πάρκινσον
9. chorionDB
   Μια βάση δεδομένων πρωτεϊνών χορίου λεπιδόπτερων, με στηρίζεται τη σύγκριση των πρωτεϊνών με προφίλ HMM που έχουν κατασκευαστεί από στοιχίσεις των κεντρικών περιοχών γνωστών πρωτεϊνών του χορίου κατηγορίας Α και Β.
10. Κοινοπραξία σχολιασμού του γενώματος του Manduca sexta
    Χαρακτηρισμός πρωτεϊνών του χορίου κατηγορίας Α και Β.
11. Η εξελικτική ιστορία των καλλικρεϊνών ιστών
    Φυλογενετική ανάλυση των καλλικρεϊνών και ο προσδιορισμός πρωτεϊνών συγγενικών με καλλικρεΐνες σε μαρσιποφόρα, πτηνά, ερπετά και αμφίβια.
12. Ανάλυση υποκινητών
    Προσδιορισμός πιθανών θέσεων πρόσδεσης μεταγραφικών παραγόντων σε διάφορα γονίδια.