Το Τμήμα Διαχείρισης Ερευνητικών Προγραμμάτων του ΙΙΒΕΑΑ σύμφωνα με το Π.Δ. 239 (Φ.Ε.Κ. 222, 16/11/2004) μεριμνά για την οικονομική διαχείριση των ερευνητικών προγραμμάτων που χρηματοδοτούνται εκτός προϋπολογισμού ΙΙΒΕΑΑ. Στο πλαίσιο αυτής της αποστολής διεκπεραιώνει τις εξής αρμοδιότητες: