Το Τμήμα Διαχείρισης Ερευνητικών Προγραμμάτων του ΙΙΒΕΑΑ σύμφωνα με το Π.Δ. 239 (Φ.Ε.Κ. 222, 16/11/2004) μεριμνά για την οικονομική διαχείριση των ερευνητικών προγραμμάτων που χρηματοδοτούνται εκτός προϋπολογισμού ΙΙΒΕΑΑ. Στο πλαίσιο αυτής της αποστολής διεκπεραιώνει τις εξής αρμοδιότητες:

1. Συμμετέχει στη διαδικασία υποβολής ερευνητικών προτάσεων σε συνεργασία με τους εκάστοτε Επιστημονικούς Υπευθύνους.
2. Διαχειρίζεται Οικονομικά-Διοικητικά τα εγκεκριμμένα προγράμματα.
3. Τηρεί και επικαιροποιεί στατιστικά στοιχεία για τα οικονομικά μεγέθη που σχετίζονται με τα ερευνητικά προγράμματα τα οποία θέτει στη διάθεση της Διοίκησης.
4. Παρουσιάζει και υποστηρίζει τα οικονομικά στοιχεία των προγραμμάτων σε επιτόπιους ελέγχους από διαχειριστικές αρχές (ΓΓΕΤ, Ευρωπαϊκή Επιτροπή κτλ).
5. Συμμετέχει σε συντονιστικές συσκέψεις ερευνητικών προγραμμάτων – κοινοπραξιών (πχ consortia FP7).
6. Παρακολουθεί εκπαιδευτικά σεμινάρια που οργανώνουν οι διαχειριστικές αρχές για τη διαχείριση των προγραμμάτων.
7. Μεριμνά για τη δημιουργία, τήρηση και επικαιροποίηση web profiles του Ιδρύματος σε διάφορους οργανισμούς κυρίως του εξωτερικού οι οποίοι χρηματοδοτούν ερευνητικά προγράμματα (ΝΙΗ, grants.gov, FP7 URF κ.α.)