Επιστημονικό Προσωπικό

Σύντομο Βιογραφικό

Ο Ιωάννης Μιχαλόπουλος έλαβε το πτυχίο του στη Βιολογία από το Πανεπιστήμιο Αθηνών και το διδακτορικό του στη Μοριακή Βιολογία από το Πανεπιστήμιο του St Andrews. Λίγο μετά τη δημοσίευση του προσχεδίου του ανθρωπίνου γενώματος, μεταπήδησε στη Βιοπληροφορική, κάνοντας μεταδιδακτορική έρευνα στο Πανεπιστήμιο του Leeds (2001-2005) και το Ίδρυμα Ιατροβιολογικών Ερευνών της Ακαδημίας Αθηνών (2006-2008). Από το 2008, ο Ιωάννης Μιχαλόπουλος εργάζεται ως Ειδικός Λειτουργικός Επιστήμων Β’ στο Κέντρο Βιολογίας Συστημάτων του Ιδρύματος Ιατροβιολογικών. Είναι υπεύθυνος για το σχεδιασμό και τη συντήρηση διαφόρων ιστοτόπων (Ελληνική Τράπεζα Ομφαλοπλακουντιακού Αίματος, Ερευνητική Υποδομή Βιοτραπεζών και Βιομοριακών Πόρων (BBMRI-GR), Eλληνική Bioτράπεζα για τη Nόσο του Πάρκινσον, κλπ). Οι ερευνητικές του δραστηριότητες περιλαμβάνουν πολλές συνεργασίες με πειραματικούς ερευνητές και επιστήμονες ηλεκτρονικών υπολογιστών στον τομέα της γενωμικής, μεταγραφωμικής, επιγενετικής, πρωτεωμικής, κλπ. Τα ενδιαφέροντά του περιλαμβάνουν τη de novo συναρμολόγηση γενωμάτων, την ανακάλυψη γονιδίων και τον γενωμικό σχολιασμό, τη διαφορική γονιδιακή έκφραση και συν-έκφραση, την κατασκευή γονιδιακών δικτύων, τη διαφορική μεθυλίωση του DNA, την πρόβλεψη θέσεων πρόσδεσης μεταγραφικών παραγόντων, την ανακάλυψη στόχων miRNA, τη δομική βιοπληροφορική, τη φυλογενωμική, τη ραδιογενωμική, την κυτταρογενετική και τη φαρμακογενωμική. Είναι ειδικός στη διαχείριση λειτουργικού συστήματος Linux, την διαμόρφωση του εξυπηρετητή Apache2, τη διαχείριση βάσεων δεδομένων MySQL και τον προγραμματισμό σε PHP και C. Ως διαδικτυακός προγραμματιστής, έχει αναπτύξει πολλά διαδραστικά εργαλεία βιοπληροφορικής. Διδάσκει Βιοπληροφορική, Ανάλυση Δεδομένων Μικροσυστοιχιών και Μεθοδολογία της Έρευνας σε μεταπτυχιακά προγράμματα σπουδών όπως Βιοπληροφορικής, Βιολογίας Συστημάτων, Μοριακή Ιατρικής, Διαιτολογίας και Διατροφής, κλπ. Ο Ιωάννης Μιχαλόπουλος είναι ιδρυτικό μέλος της Ελληνικής Εταιρείας Υπολογιστικής Βιολογίας και Βιοπληροφορικής (ΕΕΥΒΒ) της οποίας υπήρξε Ταμίας (2013-17) και συνδεδεμένο μέλος της Παγκόσμιας Ακαδημίας Επιστημών. Έχει συνδιοργανώσει πολλά εθνικά και διεθνή συνέδρια. Είναι κριτής των περιοδικών Nucleic Acids Research, Bioinformatics, Database, Journal of Oral Pathology and Medicine, Breast Cancer Research, PLoS One, BMC Bioinformatics, κ.λπ.

Επιλεγμένες Δημοσιεύσεις

Zogopoulos, V.L., Malatras, A., Kyriakidis, K., Charalampous, C., Makrygianni, E.A., Duguez, S., Koutsi, M.A., Pouliou, M., Vasileiou, C., Duddy, W.J., Agelopoulos, M., Chrousos, G.P., Iconomidou, V.A., and Michalopoulos, I. (2023). HGCA2.0: An RNA-Seq Based Webtool for Gene Coexpression Analysis in Homo sapiens. Cells 12, 388.

Borbolis, F., Ranti, D., Papadopoulou, M.D., Dimopoulou, S., Malatras, A., Michalopoulos, I., and Syntichaki, P. (2023). Selective Destabilization of Transcripts by mRNA Decapping Regulates Oocyte Maturation and Innate Immunity Gene Expression during Ageing in C. elegans. Biology 12, 171.

Angelopoulou, E., Bozi, M., Simitsi, A.M., Koros, C., Antonelou, R., Papagiannakis, N., Maniati, M., Poula, D., Stamelou, M., Vassilatis, D.K., Michalopoulos, I., Geronikolou, S., Scarmeas, N., and Stefanis, L. (2022). Clinical differences between early-onset and mid-and-late-onset Parkinson’s disease: Data analysis of the Hellenic Biobank of Parkinson’s disease. J Neurol Sci 442, 120405.

Zogopoulos, V.L., Saxami, G., Malatras, A., Papadopoulos, K., Tsotra, I., Iconomidou, V.A., and Michalopoulos, I. (2022). Approaches in Gene Coexpression Analysis in Eukaryotes. Biology 11, 1019.

Zogopoulos, V.L., Malatras, A., and Michalopoulos, I. (2022). Gene coexpression analysis in Arabidopsis thaliana based on public microarray data. STAR Protoc 3, 101208.

Barba, E., Kontou, P. I., Michalopoulos, I., Bagos, P. G., and Braliou, G. G. (2022). Association of ITPA gene polymorphisms with adverse effects of AZA/6-MP administration: a systematic review and meta-analysis. Pharmacogenomics J, 22, 39–54.

Zogopoulos, V. L., Spaho, K., Ntouka, C., Lappas, G. A., Kyranis, I., Bagos, P., Spandidos D. A., and Michalopoulos, I. (2021). TFBSPred: A functional transcription factor binding site prediction webtool for humans and mice. Int J Epigenetics 1, 9.

Zogopoulos, V.L., Saxami, G., Malatras, A., Angelopoulou, A., Jen, C.H., Duddy, W.J., Daras, G., Hatzopoulos, P., Westhead, D.R., and Michalopoulos, I. (2021). Arabidopsis Coexpression Tool: a tool for gene coexpression analysis in Arabidopsis thaliana. iScience 24, 102848.

Kalogirou, E.M., Thermos, G., Zogopoulos, V., Foutadakis, S., Michalopoulos, I., Agelopoulos, Μ. and Tosios, Κ.Ι. (2021). The immunohistochemical profile of basal cell nevus syndrome–associated and sporadic odontogenic keratocysts: a systematic review and meta-analysis. Clin Oral Invest 25, 3351–3367

Gavrielatos, M., Kyriakidis, K., Spandidos, D.A., and Michalopoulos, I. (2021). Benchmarking of next and third generation sequencing technologies and their associated algorithms for de novo genome assembly. Mol Med Rep 23, 251.

PubMed:

PubMed Link