Biomedical Ίδρυμα Ιατροβιολογικών Ερευνών, Ακαδημίας ΑθηνώνΑκαδημία Αθηνών
Επιστημονικό Προσωπικό

Ιωάννης Ιωάννης Μιχαλόπουλος, PhD
Ειδικός Λειτουργικός Επιστήμονας Β'

Τηλέφωνο : +30 210 6597 127
Fax : +30 210 6597 545
e-mail : imichalop@bioacademy.gr


Κέντρο :

Βιολογίας Συστημάτων

Ιστοσελίδα Εργαστηρίου :

Εργαστήριο Μιχαλόπουλου


Σύντομο Βιογραφικό

Ο Ιωάννης Μιχαλόπουλος έλαβε το πτυχίο του στη Βιολογία από το Πανεπιστήμιο Αθηνών και το διδακτορικό του στη Μοριακή Βιολογία από το Πανεπιστήμιο του St Andrews. Λίγο μετά τη δημοσίευση του προσχεδίου του ανθρωπίνου γενώματος, μεταπήδησε στη Βιοπληροφορική, κάνοντας μεταδιδακτορική έρευνα στο Πανεπιστήμιο του Leeds (2001-2005) και το Ίδρυμα Ιατροβιολογικών Ερευνών της Ακαδημίας Αθηνών (2006-2008). Από το 2008, ο Ιωάννης Μιχαλόπουλος εργάζεται ως Ειδικός Λειτουργικός Επιστήμων Β’ στο Κέντρο Βιολογίας Συστημάτων του Ιδρύματος Ιατροβιολογικών. Είναι υπεύθυνος για το σχεδιασμό και τη συντήρηση διαφόρων ιστοτόπων (Ελληνική Τράπεζα Ομφαλοπλακουντιακού Αίματος, Ερευνητική Υποδομή Βιοτραπεζών και Βιομοριακών Πόρων (BBMRI-GR), Eλληνική Bioτράπεζα για τη Nόσο του Πάρκινσον, κλπ). Οι ερευνητικές του δραστηριότητες περιλαμβάνουν πολλές συνεργασίες με πειραματικούς ερευνητές και επιστήμονες ηλεκτρονικών υπολογιστών στον τομέα της γενωμικής, μεταγραφωμικής, επιγενετικής, πρωτεωμικής, κλπ. Τα ενδιαφέροντά του περιλαμβάνουν τη de novo συναρμολόγηση γενωμάτων, την ανακάλυψη γονιδίων και τον γενωμικό σχολιασμό, τη διαφορική γονιδιακή έκφραση και συν-έκφραση, την κατασκευή γονιδιακών δικτύων, τη διαφορική μεθυλίωση του DNA, την πρόβλεψη θέσεων πρόσδεσης μεταγραφικών παραγόντων, την ανακάλυψη στόχων miRNA, τη δομική βιοπληροφορική, τη φυλογενωμική, τη ραδιογενωμική, την κυτταρογενετική και τη φαρμακογενωμική. Είναι ειδικός στη διαχείριση λειτουργικού συστήματος Linux, την διαμόρφωση του εξυπηρετητή Apache2, τη διαχείριση βάσεων δεδομένων MySQL και τον προγραμματισμό σε PHP και C. Ως διαδικτυακός προγραμματιστής, έχει αναπτύξει πολλά διαδραστικά εργαλεία βιοπληροφορικής. Διδάσκει Βιοπληροφορική, Ανάλυση Δεδομένων Μικροσυστοιχιών και Μεθοδολογία της Έρευνας σε μεταπτυχιακά προγράμματα σπουδών όπως Βιοπληροφορικής, Βιολογίας Συστημάτων, Μοριακή Ιατρικής, Διαιτολογίας και Διατροφής, κλπ. Ο Ιωάννης Μιχαλόπουλος είναι ιδρυτικό μέλος της Ελληνικής Εταιρείας Υπολογιστικής Βιολογίας και Βιοπληροφορικής (ΕΕΥΒΒ) της οποίας υπήρξε Ταμίας (2013-17) και συνδεδεμένο μέλος της Παγκόσμιας Ακαδημίας Επιστημών. Έχει συνδιοργανώσει πολλά εθνικά και διεθνή συνέδρια. Είναι κριτής των περιοδικών Nucleic Acids Research, Bioinformatics, Database, Journal of Oral Pathology and Medicine, Breast Cancer Research, PLoS One, BMC Bioinformatics, κ.λπ.

Επιλεγμένες Δημοσιεύσεις

Kalogirou, E.M., Thermos, G., Zogopoulos, V., Foutadakis, S., Michalopoulos, I., Agelopoulos, Μ. and Tosios, Κ.Ι. (2021). The immunohistochemical profile of basal cell nevus syndrome-associated and sporadic odontogenic keratocysts: a systematic review and meta-analysis. Clin Oral Investig, doi:10.1007/s00784-021-03877-w.

Gavrielatos, M., Kyriakidis, K., Spandidos, D.A., and Michalopoulos, I. (2021). Benchmarking of next and third generation sequencing technologies and their associated algorithms for de novo genome assembly. Mol Med Rep 23, 251.

Michalettou, T.D., Michalopoulos, I., Costes, S.V., Hellweg, C.E., Hada, M., and Georgakilas, A.G. (2021). A Meta-Analysis of the Effects of High-LET Ionizing Radiations in Human Gene Expression. Life (Basel) 11, 115.

Malatras, A., Michalopoulos, I., Duguez, S., Butler-Browne, G., Spuler, S., and Duddy, W.J. (2020). MyoMiner: explore gene co-expression in normal and pathological muscle. BMC Med Genomics 13, 67.

Kanakoglou, D.S., Michalettou, T.D., Vasileiou, C., Gioukakis, E., Maneta, D., Kyriakidis, K.V., Georgakilas, A.G., and Michalopoulos, I. (2020). Effects of High-Dose Ionizing Radiation in Human Gene Expression: A Meta-Analysis. Int J Mol Sci 21, 1938.

Angelopoulou, E., et al. (2019). The relationship between environmental factors and different Parkinson's disease subtypes in Greece: Data analysis of the Hellenic Biobank of Parkinson's disease. Parkinsonism Relat Disord 67, 105–112.

Nikitaki, Z., Holá, M., Donà, M., Pavlopoulou, A., Michalopoulos, I., Angelis, K.J., Georgakilas, A.G., Macovei, A., and Balestrazzi, A. (2018). Integrating plant and animal biology for the search of novel DNA damage biomarkers. Mutat Res Rev Mutat Res 775, 21–38.

Nikitaki, Z., Pavlopoulou, A., Hola, M., Dona, M., Michalopoulos, I., Balestrazzi, A., Angelis, K.J., and Georgakilas, A.G. (2017). Bridging Plant and Human Radiation Response and DNA Repair through an In Silico Approach. Cancers (Basel) 9.

Kanost, M.R., et al. (2016). Multifaceted biological insights from a draft genome sequence of the tobacco hornworm moth, Manduca sexta. Insect Biochem Mol Biol 76, 118-147.

Pavlopoulou, A., Savva, G.D., Louka, M., Bagos, P.G., Vorgias, C.E., Michalopoulos, I., and Georgakilas, A.G. (2016). Unraveling the mechanisms of extreme radioresistance in prokaryotes: Lessons from nature. Mutat Res Rev Mutat Res 767, 92-107.

Skourti, E., Logotheti, S., Kontos, C.K., Pavlopoulou, A., Dimoragka, P.T., Trougakos, I.P., Gorgoulis, V., Scorilas, A., Michalopoulos, I., and Zoumpourlis, V. (2016). Progression of mouse skin carcinogenesis is associated with the orchestrated deregulation of mir-200 family members, mir-205 and their common targets. Mol Carcinog 55, 1229-1242.

Atwood, T.K., et al. (2015). GOBLET: The Global Organisation for Bioinformatics Learning, Education and Training. PLoS Comput Biol 11, e1004143.

PubMed:

PubMed Link